اتفقت الأطراف المفاوضة في جوبا على أن تكون مدة الفترة الانتقالية (39) شهراً يبدأ سريانها من تاريخ التوقيع على اتفاق السلام، استثناء الممثلين من أطراف العملية السلمية الموقعة على الاتفاق من نص المادة (20) من الوثيقة الدستورية في مجلسي السيادة والوزراء، دون أن يشمل ذلك ولاة الولايات وحكام الأقاليم، على أن يتقدموا باستقالاتهم قبل (6) أشهر من نهاية الفترة الانتقالية.
كما تم الاتفاق على تمثيل الأطراف الموقعة على العملية السلمية بعدد (3) أعضاء في مجلس السيادة، و(5) وزراء في مجلس الوزراء، و(75) مقعداً في المجلس التشريعي.
وفيما يتعلق بمسار شمال السودان، ومسار الوسط، تم الاتفاق على تمثيل أطراف اتفاق السلام بنسبة (10%) في السلطة في كلٍّ من الولاية الشمالية، نهر النيل، ولاية سنار، ولاية الجزيرة، وولاية النيل الأبيض.
أما ولايتا شمال وغرب كردفان تم الاتفاق على التمثيل بنسبة (10%) من السُّلطة في كلٍّ من ولاية شمال كردفان وولاية غرب كردفان، بجانب تمثيل أقاليم السودان في السُّلطة الاتحادية والتشريعية وفق وزنها السكاني لضمان التمثيل العادل، تمثيل المرأة في جميع مستويات السُّلطة بنسبة لا تقل عن (40%).
واتفقت الأطراف على التزام حكومة السودان بإقامة مؤتمر للمانحين وتخصيص عائداته لدعم اتفاق السلام.
كما تم الاتفاق على تشكيل مفوضية للسلام تختص بتنفيذ اتفاق السلام الشامل.